近年來，研究生院實施了一系列改革措施，促進了研究生創新意識和能力的培養，在提高研究生學術論文的質量和數量，鼓勵研究生參與學術訪問和學術會議等方面成效顯著。北大醫學研究生教育以立德樹人為根本，始終把思想政治教育放在首位，將研究生德育工作貫穿教育教學全過程，積極構建全員、全過程、全方位育人體系，促進研究生德智體美勞全面發展，不斷提高研究生的綜合素質。優秀的科研人才和團隊不斷涌現，一批高水平的研究成果在國際頂尖期刊發表，北大醫學已成為科學研究的前沿和知識創新的重要基地。
不忘初心、砥礪奮進，北大醫學研究生教育為培養醫學領軍人才、促進醫療衛生事業發展、實現中華民族的偉大復興不懈努力。
1984年，經國務院批準，成為首批試辦研究生院的22所高校之一。2000年北京大學和原北京醫科大學合并后，成為北京大學研究生院醫學部分院，全面負責醫學部的學位與研究生教育。北京大學研究生院醫學部分院（以下簡稱為研究生院）前身為北京醫科大學研究生院。1985年1月25日，北京醫科大學研究生院正式成立。
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